夏天的高中游泳大賽預選，王牌柴原潤輸了給對手村井直樹，可是村井卻去請求柴原擔任他的教練。為了專心學業和考試，柴原決定退出游泳部。之後，村井也跟著他退出。就在當晚，村井在泳池旁強吻了柴原…... 《水男孩物語》與同時上映的另一部電影《同級生》的幕後班底相同，登場人物和設定也有所關連。兩部電影均由《幪面超人電王》中村優一飾演的柴原潤為主角，描寫兩段不同的愛情故事。本片的合演者包括《網球王子》舞台劇高橋優太和久保翔等。

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